UNICEF is een semi-autonoom VN-fonds met een eigen administratie en eigen middelen. UNICEF is voor zijn werkzaamheden en de financiering van zijn activiteiten voor 100 procent afhankelijk van vrijwillige bijdragen. Binnen de structuur van de Verenigde Naties rapporteert UNICEF rechtstreeks aan de Raad van Bestuur van de Verenigde Naties.
Jaarlijks worden de rekeningen en het activiteitenrapport van UNICEF beoordeeld door de ECOSOC, de Economische en Sociale Raad van de VN.
UNICEF heeft momenteel bijna 14.000 medewerkers in dienst (het personeel van de nationale comités voor UNICEF niet meegerekend). Meer dan 85% van het personeel werkt op het terrein. Een even groot percentage van het UNICEF-personeel wordt lokaal gerekruteerd in de landen waar UNICEF in actie is.
De Raad van Bestuur is het soevereine orgaan van UNICEF. Deze komt normaal gesproken drie keer per jaar samen, maar er kunnen ook speciale sessies gehouden worden. De zittingen van de Raad van Bestuur van UNICEF wordt gewoonlijk gehouden in het hoofdkantoor van UNICEF in New York. De Raad van Bestuur bestaat uit vertegenwoordigers van 36 landen. Er is een voorzitter en vier vice-voorzitters die het Bureau van UNICEF vormen, dat als schakel fungeert tussen de regionale groepen die in de Raad van Bestuur zijn vertegenwoordigd en het Secretariaat van UNICEF. Het secretariaat is verantwoordelijk voor de dagelijkse werkzaamheden van het Kinderfonds.
Alle leden van de Raad van Bestuur worden voor een periode van drie jaar door de Economische en Sociale Raad van de Verenigde Naties geselecteerd uit de landen die lid zijn van de VN. Aangezien een derde van de samenstelling van de Raad van Bestuur elk jaar verandert, wordt een evenwichtige verdeling van de invloed tussen alle VN-landen als bestuurders van de organisatie gewaarborgd. De Raad van Bestuur stemt over het budget en bepaalt het beleid van het Kinderfonds. Ook worden de lopende programma's geëvalueerd en wordt er over nieuwe programma's gestemd. Deze besluiten zijn gebaseerd op rapporten van het UNICEF-secretariaat.
De algemeen directeur wordt voorgedragen door de Raad van Bestuur en benoemd door de secretaris-generaal van de Verenigde Naties. Catherine Russell is de huidige algemeen directeur van UNICEF. Ze werd in deze functie voorafgegaan door Maurice Pate, Henry Labouisse, James Grant, Carol Bellamy, Ann Veneman, Anthony Lake en Henrietta Fore. Het hoofdkantoor van UNICEF verzorgt ook de relaties met de Verenigde Naties en de Raad van Bestuur van de Verenigde Naties. Er zijn heel wat afdelingen, waaronder een programmatische afdeling die bestaat uit deskundigen en een afdeling die verantwoordelijk is voor de relaties met overheden en donorlanden.
De regionale kantoren coördineren de activiteiten op het terrein. UNICEF heeft een regionaal kantoor in Genève (regionaal kantoor voor Europa en Centraal-Azië), in Nairobi (voor Zuidelijk- en Oost-Afrika), Dakar (voor Centraal- en West-Afrika), Amman (voor Noord-Afrika en het Midden-Oosten), Panama City (voor Latijns-Amerika en het Caribisch gebied), Bangkok (voor Oost-Azië en de Stille Oceaan), Kathmandu (voor Zuid-Azië) en Tokio (voor Japan).
De regionale kantoren sturen ook de landenkantoren aan in hun specifieke regio's. Elk landenkantoor voert de missie van UNICEF uit door middel van een uniek samenwerkingsprogramma dat met de regering van het gastland is ontwikkeld. Dit vijfjarenprogramma richt zich op praktische manieren om de rechten van kinderen en vrouwen te realiseren. Hun behoeften worden geanalyseerd in een situatierapport dat aan het begin van de programmacyclus wordt opgesteld. De regionale kantoren begeleiden dit werk en bieden technische bijstand aan de landenkantoren waar nodig. Het werk van UNICEF maakt volledig deel uit van andere activiteiten van de Verenigde Naties in een land.
Het Regionaal Bureau voor Europa in Genève verschilt enigszins van de andere Regionale Bureaus. Het coördineert de activiteiten van de 32 nationale comités in de donorlanden. Maar het onderhoudt ook de betrekkingen met de verschillende instellingen van de Europese Unie - via UNICEF Brussels Office, het bureau van UNICEF in Brussel - de Raad van Europa, internationale NGO's en andere in Europa gevestigde partners.
Het Belgisch Comité voor UNICEF (UNICEF België) is één van de 32 Nationale Comités voor UNICEF. We werven fondsen voor hulpprogramma's die in 156 ontwikkelingslanden worden uitgevoerd en geven voorlichting over het werk van UNICEF. Bovendien houdt ons comité in de gaten of de Belgische regering zich houdt aan het Verdrag voor de Rechten van het Kind, in zowel haar binnenlands als buitenlands beleid. Ook werkt ons comité samen met het Belgische bedrijfsleven om hen te helpen zich te houden aan internationale richtlijnen zoals de UN Guiding Principles on Business and Human Rights, en te ondernemen met oog voor kinderen.
UNICEF Innocenti Research Centre
UNICEF heeft ook een onderzoekscentrum in Firenze. Het UNICEF Innocenti Research Centrevoert studies uit, schrijft rapporten en publiceert papers over kinderrechten en kinderen in bijzonder moeilijke omstandigheden.
UNICEF Supply Division
Tot slot hebben we een enorm, volledig geautomatiseerd logistiek centrum in Kopenhagen. De UNICEF Supply Divisionis momenteel het grootste humanitaire magazijn ter wereld. Het maakt het mogelijk om in minder dan 72 uur humanitaire hulpgoederen te leveren in de vier hoeken van de wereld.
UNICEF Global Shared Services Centre
Alle diensten op vlak van personeelszaken, de payroll, boekhouding en ICT worden sinds 2016 geleverd vanuit het Global Shared Services Centre in Boedapest, Hongarije