L'UNICEF est un fonds semi-autonome des Nations unies, doté d'une administration et de ressources propres. L'UNICEF dépend à 100% de contributions volontaires pour son travail et le financement de ses activités. L'UNICEF rend directement compte au Conseil d'administration des Nations unies.
Les comptes et le rapport d'activité de l'UNICEF sont examinés chaque année par le Conseil économique et social des Nations unies (ECOSOC). L'UNICEF emploie actuellement près de 14.000 personnes (sans compter le personnel des comités nationaux). Plus de 85% du personnel travaille sur le terrain. Un pourcentage égal de personnel est recruté localement dans les pays où l'UNICEF est en action.
Le Conseil d’administration (organe souverain de l’UNICEF) se réunit en principe trois fois par an, sans compter les éventuelles sessions extraordinaires. L'ensemble de ces sessions ont généralement lieu au siège de l’organisation à New York. Le Conseil est composé de représentant·es émanant de 36 pays, dont un président et 4 vice-présidents qui forment le Bureau de l’UNICEF, organe de liaison entre les groupes régionaux représentés au Conseil d’administration, ainsi que le Secrétariat de l’UNICEF. Ce dernier assure le travail journalier du Fonds pour l’enfance.
Les administrateur·rices du Conseil d’administration sont choisi·es pour une durée de trois ans par le Conseil Économique et Social des Nations unies au sein des pays membres de l’ONU. Étant donné qu’un tiers de la composition du CA change chaque année, un équilibre d’influences est assuré entre tous les pays de l’ONU. Ce dernier vote le budget, définit la politique d’action du Fonds pour l’enfance, évalue les programmes en cours et en vote de nouveaux. Ses décisions reposent sur les rapports du Secrétariat de l’UNICEF.
La directrice ou le directeur général est nommé·e sur proposition du Conseil d’administration de l’UNICEF par le·a Secrétaire général·e des Nations unies. Il s'agit actuellement de Catherine Russel, qui fut précédée dans ses fonctions par Maurice Pate, Henry Labouisse, James Grant, Carol Bellamy, Ann Veneman, Anthony Lake et Henrietta Fore. Le siège central de l’UNICEF gère aussi les relations avec les Nations unies et son Conseil d’administration. Il possède de nombreuses sections, dont une composée d’experts et une chargée des relations avec les gouvernements et les pays donateurs.
Les bureaux régionaux coordonnent les activités sur le terrain. L’UNICEF possède des bureaux régionaux à Nairobi (pour l’Afrique australe et orientale), à Dakar (pour l’Afrique centrale et occidentale), à Amman (pour l’Afrique du Nord et le Moyen-Orient), à Panama City (pour l’Amérique latine et les Caraïbes), à Bangkok (pour l’Asie de l’est et l’océan Pacifique), à Katmandou (pour l’Asie du Sud), à Genève (pour l’Europe et l’Asie centrale) et à Tokyo (pour le Japon).
Les bureaux régionaux gèrent les 156 bureaux de pays dans leurs régions respectives. Chacun accomplit la mission de l'UNICEF par le biais d'un programme de coopération élaboré avec le gouvernement hôte. Ces programmes sont conçus après une analyse précise des besoins du pays et contribuent à la réalisation des Objectifs de Développement Durable. Les bureaux régionaux supervisent ce travail et fournissent une assistance technique aux bureaux nationaux. Le travail de l'UNICEF s'inscrit dans les autres activités des Nations unies dans un pays.
Le bureau régional pour l’Europe de Genève occupe une place à part puisqu'il coordonne les activités des 32 comités nationaux ainsi que les relations avec les différentes institutions de l’Union européenne (via son bureau à Bruxelles, UNICEF Brussels Office), le Conseil de l’Europe, les ONG internationales et d’autres partenaires dont le siège se trouve en Europe.
Quant à UNICEF Belgique, il est l'un des 32 comités nationaux qui représentent l'UNICEF dans les pays industrialisés. Dans ces pays, nous sensibilisons les populations à la situation des enfants dans le monde et collectons des fonds pour les programmes de développement durable et d'urgence que l'UNICEF met en œuvre dans 156 pays. UNICEF Belgique collabore régulièrement avec le monde politique et le monde des entreprises afin d'améliorer la situation et le respect des droits de l'enfant en Belgique et dans le monde.
Centre de recherche Innocenti de l'UNICEF à Florence
L’UNICEF dispose du Centre de recherche Innocenti, basé à Florence. Ce dernier effectue des études, rédige des rapports et publie des documents centrés sur les droits de l’enfant.
Division des approvisionnements de l'UNICEF
L'UNICEF dispose également d'une énorme centrale logistique entièrement automatisée, basée à Copenhague. La division des approvisionnements de l'UNICEF est actuellement le plus grand entrepôt humanitaire au monde, permettant ainsi d’acheminer du matériel humanitaire aux quatre coins de la planète en moins de 72h.
UNICEF Global Shared Services Centre
Toutes les ressources humaines, le payroll, la comptabilité et les services informatiques de l’UNICEF sont assurés depuis le Global Shared Services Center, effectif à Budapest depuis 2016.